Korrektur Ausgabe Barcode-Analyse

Taskfile.yml

@@ -228,7 +228,7 @@ tasks:
       # Bearbeitungsstand
       - 'echo "Seit Juli 2019 neu hinzugekommene Dubletten: $(comm -13 input/duplicates-2019-07-10.txt output/barcodes/duplicates | wc -l)"'
       - 'echo "Seit Juli 2019 bearbeitete Dubletten: $(comm -23 input/duplicates-2019-07-10.txt output/barcodes/duplicates | wc -l)"'
-      - 'echo "Noch zu bearbeitende Dubletten: $(wc -l output/barcodes/duplicates)"'
+      - 'echo "Noch zu bearbeitende Dubletten: $(wc -l < output/barcodes/duplicates)"'
 #    sources:
 #      - input/*
 #    generates:

barcode-analyse.sh

@@ -1,20 +0,0 @@
-#!/bin/bash
-# Ermitteln von Dubletten in Barcodes
-
-mkdir -p output output/barcodes
-
-# Bibliotheca Barcodes extrahieren
-for f in input/*.imp; do
-  grep '^\*I BARCO ' "$f" | dos2unix | cut -c 10- > output/barcodes/"${f##*/}.txt"
-done
-# Alephino Barcodes extrahieren
-for f in input/*-exemplare.txt; do
-  grep '^120 ' "$f" | cut -c 6- > output/barcodes/"${f##*/}.txt"
-done
-
-# Dubletten ermitteln
-sort output/barcodes/*.txt | uniq -d > output/barcodes/duplicates
-(cd output/barcodes && for f in *.txt ; do
-  grep -FxH -f duplicates "$f" | sort | join -o 2.1 -t ':' -a1 -2 2 duplicates - | cut -d '.' -f 1 > "${f}".tmp
-done)
-paste output/barcodes/duplicates output/barcodes/*.tmp | awk -F $'\t' '{sub($1, "\"&\""); print}' > output/barcodes/duplicates.tsv && rm output/barcodes/*.tmp